Ngày 12 tháng 8 năm 2004, Lý Hiển Long kế nhiệm Ngô Tác Đống trong cương vị thủ tướng và bàn giao chức vụ Chủ tịch Cơ quan Tiền tệ Singapore cho Ngô Tác Đống.

Ngày 5 tháng 6 năm 2005, Lý Hiển Long chủ toạ lễ khánh thành Trung tâm Di sản Mã Lai mới được phục hồi tại Singapore với sự chứng kiến của Yaacob Ibrahim, Bộ trưởng các vấn đề Hồi giáo.

Khi làn sóng hải tặc dâng cao, nhiều tàu biển bị tấn công khi đi qua Eo biển Malacca. Ước tính mỗi năm có khoảng 50.000 tàu thuyền đi qua eo biển này. Đối phó với nạn hải tặc, Lý Hiển Long tìm kiếm những trợ giúp từ Hoa Kỳ và các quốc gia lân cận trong một hội nghị dành cho bộ trưởng quốc phòng đến từ các quốc gia trên khắp thế giới được tổ chức vào ngày 3 tháng 6 năm 2005.

Ngày 19 tháng 9 năm 2005, Lý Hiển Long thu hút sự chú ý của công luận tại đảo quốc khi đích thân đi kiểm tra vùng sinh sôi của muỗi tại khu vực cống thoát nước trên đại lộ Ang Mo Kio, đến thăm nhà dân, một ngôi chợ và một trung tâm bán lẻ thuộc phường Teck Ghee, nơi ông cư trú, đi ra gặp gỡ cư dân ở đó để phân phát tờ rơi, biểu ngữ và thuốc diệt côn trùng.

Động thái này là một phần trong sáng kiến của Lý Hiển Long nhằm khẳng định thông điệp của Bộ trưởng Môi trường và Tài nguyên Nước Yaacob Ibrahim kêu gọi kiểm soát sự lây lan của virus bệnh sốt xuất huyết (dengue).

Chính sách

Lý Hiển Long

Ngày 12 tháng 8 năm 2004, mười sáu ngày sau khi nhậm chức thủ tướng, trong bài "Diễn văn Hiệu triệu nhân ngày Quốc khánh", Lý Hiển Long đưa ra sáng kiến "tuần lễ năm ngày làm việc", bỏ một buổi làm việc vào thứ bảy. Kế hoạch này bắt đầu có hiệu lực vào ngày 1 tháng 1 năm 2005.

Lý Hiển Long cũng đề xuất chế độ nghỉ hộ sản hai tháng có lương dành cho bà mẹ sinh con đầu lòng cùng với những khích lệ tài chính dành cho phụ nữ đồng ý sinh con thứ tư. Chính sách này được khởi xướng nhằm đối phó với tình trạng sinh suất giảm mạnh tại Singapore trong những năm gần đây.

Tháng 11 năm 2004, Lý Hiển Long gây ra một cuộc tranh luận toàn quốc khi tiết lộ dự án xây dựng hai khu nghỉ dưỡng liên hợp có sòng bạc. Tháng 4 năm 2005, mặc cho sự chống đối của công luận, Lý Hiển Long tuyên bố ủng hộ dự án. Hai khu nghỉ dưỡng liên hợp này được xây dựng tại Vịnh Marina và Sentosa. Nhằm hạn chế ảnh hưởng tiêu cực của các hoạt động bài bạc tại các sòng bạc, thủ tướng đề ra những biện pháp kiểm soát như cấm trẻ vị thành niên vào sòng bài, quy định giá vào cửa đến 100 SGD cho công dân và người cư trú dài hạn ở Singapore, hoặc vé năm là 2000 SGD.

Ngày 22 tháng 8 năm 2005, trong bài diễn văn hiệu triệu ngày quốc khánh, Lý Hiển Long vạch ra lộ trình tái tạo Singapore và kêu gọi sự tham gia tích cực của người dân. Ông miêu tả hình ảnh Singapore năm 2015 với những thay đổi quan trọng trong sáu khu vực chính của đảo quốc:

1. Thành phố của tương lai?

• Một khu trung tâm tại Vịnh Marina với ba khu vườn, một hồ nước, một khu nghỉ dưỡng liên hợp cùng một trung tâm kinh doanh và tài chính sang trọng. Bên cạnh đó là phố Orchard sinh động, khu Bras Brasah và khu Bugis náo nhiệt.

2. Thúc đẩy nghiên cứu và phát triển nền kinh tế

• Hội đồng Nghiên cứu, Đổi mới và Thực nghiệm được thành lập nhằm nâng nền kinh tế lên một tầm cao mới. Hội đồng này đặt dưới quyền lãnh đạo của Thủ tướng Lý với Phó thủ tướng Tony Tan đảm nhiệm vị trí phó chủ tịch hội đồng.
• Tổ chức Nghiên cứu Quốc gia được thành lập, đứng đầu là Tiến sĩ Tan.

3. Văn hoá dịch vụ

• Một chiến dịch lâu dài sẽ được phát động trên toàn quốc nhằm nâng cao tiêu chuẩn các loại dịch vụ, lãnh đạo chiến dịch là Bộ trưởng Raymond Lim.

4. Giáo dục

• Các trường bách khoa sẽ liên kết trong những lĩnh vực mũi nhọn với các viện đại học chuyên ngành ở nước ngoài.
• Chương trình giáo dục sau trung học chịu trách nhiệm giúp học sinh kiếm tiền trả học phí đại học.
• Thay đổi giáo trình tại các trường kỹ thuật sao cho học sinh cảm thấy thích thú hơn với phương pháp học nhóm, thực hành và sử dụng kỹ thuật tin học.

5. Trợ giúp người có thu nhập thấp

• Trợ cấp nhà ở cho những gia đình nghèo trích từ quỹ dự phòng trung ương nhằm giúp họ có thể mua các căn hộ chung cư của chính phủ.

6. Y tế

• Độ tuổi giới hạn trong chương trình bảo hiểm y tế Medishield được nâng lên từ 80 đến 85.
• Sử dụng quỹ tiết kiệm y tế linh động hơn để có thể chi trả viện phí tại bệnh viện tư và các bệnh viện sang trọng cũng như các dưỡng đường điều trị đặc biệt.

"Chúng ta đang kiến tạo tinh thần Singapore. Đó là dũng cảm mà nhân ái, tự tin mà không tự mãn. Tinh thần Singapore là sợi dây ràng buộc chúng ta lại với nhau để trở thành một dân tộc đoàn kết, trong đó mỗi một người dân đều góp phần tái tạo đất nước".

Đối ngoại

Trung Quốc

Quan hệ với Trung Quốc được cải thiện trong những năm cầm quyền của Lý Hiển Long. Có nhiều tiến bộ trong các lãnh vực như thương mại, du lịch và đầu tư, không chỉ phù hợp với lợi ích của hai quốc gia mà còn hứa hẹn những lợi ích lớn hơn cho sự phát triển chung của toàn khu vực. Hội đồng Phát triển Song phương Trung Quốc- Singapore chịu trách nhiệm xúc tiến các đề án hợp tác giữa hai quốc gia.

Trong một cuộc họp vào tháng 9 năm 2005 với phó thủ tướng Ngô Nghi, Lý Hiển Long đưa ra đề nghị thành lập Khu vực Mậu dịch Tự do Trung Quốc – ASEAN với mục tiêu trao đổi thương mại trị giá 50 tỷ USD trước năm 2010. Để đạt mục tiêu này, cả hai phía đồng ý nâng mối quan hệ giữa Trung Quốc và ASEAN lên một tầm cao mới.

Trong chuyến viếng thăm kéo dài bảy ngày đến Trung Quốc vào cuối tháng 10 năm 2005, Thủ tướng Lý Hiển Long nhấn mạnh đến sự cần thiết phải cải thiện mối quan hệ song phương giữa ASEAN và Trung Quốc.

Hoa Kỳ

Bang giao giữa Singapore và Hoa Kỳ vốn đã có nhiều thuận lợi. Sự gia tăng mậu dịch hai chiều giúp cải thiện mối quan hệ thương mại và ngoại giao giữa hai quốc gia sau khi Thoả hiệp Tự do Mậu dịch Hoa Kỳ - Singapore có hiệu lực ngày 1 tháng 1 năm 2004.

Từ ngày 6 đến ngày 16 tháng 7 năm 2005, Lý Hiển Long thực hiện chuyến viếng thăm đầu tiên đến Hoa Kỳ với tư cách thủ tướng Singapore có sự tháp tùng của một số bộ trưởng như Bộ trưởng Quốc phòng Tiêu Chí Hiền và Bộ trưởng Ngoại giao Geogre Dương Vinh Văn.

Thủ tướng Lý Hiển Long gặp Tổng thống Hoa Kỳ George W. Bush tại tòa Bạch Ốc năm 2005.

Ngày 12 tháng 7 năm 2005, Tổng thống George W. Bush ký với Thủ tướng Lý Hiển Long "Thoả ước khung chiến lược giữa Hoa Kỳ và Singapore nhằm tiến tới một sự hợp tác mật thiết hơn về an ninh và quốc phòng". Thoả ước là một bước tiến tự nhiên cho mối quan hệ song phương. Trước đó Tổng thống Bush và thủ tướng Ngô Tác Đống đã tuyên bố ý định tiến đến ký kết thoả ước vào tháng 10 năm 2003.

Thoả ước công nhận vai trò của Singapore như là một đối tác an ninh quan trọng và sẽ mở rộng khả năng hợp tác trong những lãnh vực như chống khủng bố, chống phổ biến vũ khí huỷ diệt hàng loạt (WMD), tổ chức huấn luyện và tập trận chung, thảo luận về chính sách và kỹ thuật phòng thủ. Thoả ước nhắm vào mục tiêu gia tăng sự ổn định trong khu vực bằng cách duy trì sự hiện diện của Hoa Kỳ trong vùng Đông Nam Á.

Cả hai nhà lãnh đạo đều đồng ý rằng sự hiện diện của Hoa Kỳ trong vùng giúp củng cố hoà bình và ổn định, cần thiết cho sự phát triển kinh tế và hợp tác trong khu vực.

Trong lần gặp gỡ này, Bush và Lý thừa nhận đã có nhiều tiến bộ trong cuộc chiến chống khủng bố. Lý Hiển Long khen ngợi quyết tâm và lập trường kiên định của Bush trong cuộc chiến chống khủng bố và khẳng định lập trường của Singapore tiếp tục ủng hộ nỗ lực này. Đáp lại, Bush tán dương tính chuyên nghiệp của sĩ quan và binh sĩ thuộc quân lực Singapore, được gởi đến Iraq trong hai năm qua với nhiệm vụ hỗ trợ các cuộc hành quân, và của lực lượng cảnh sát Singapore, trong công tác huấn luyện. Bush và Lý cam kết duy trì sự hợp tác mật thiết giữa hai quốc gia trong các thiết chế đa phương trong khu vực và trên thế giới.